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List:       npaci-rocks-discussion
Subject:    [Rocks-Discuss] Re: SGE not scheduling jobs since upgrade to Rocks 6.2
From:       Pat Haley <phaley () mit ! edu>
Date:       2016-07-13 16:19:07
Message-ID: 578669FB.2070801 () mit ! edu
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Hi,

Two things,

 1. We had also tried stopping and starting sge_qmaster (after resetting
    the mseas.mit.edu to mseas.local everywhere).  I just noticed today
    in /tmp/sge_messages the following: 07/11/2016 16:46:38| 
    main|mseas|E|communication error for "mseas.local/qmaster/1" running
    on port 536: "can't bind socket"
    07/11/2016 16:46:39|  main|mseas|E|commlib error: can't bind socket
    (no additional information available)
    07/11/2016 16:47:07|  main|mseas|C|abort qmaster startup due to
    communication errors
 2. In yesterday's Email I failed to include the link to the post on
    swapping "-name" with "-aname". Here it is:
    http://marc.info/?l=npaci-rocks-discussion&m=145736255318040&w=2



On 07/12/2016 12:53 PM, Pat Haley wrote:
> Hi,
> 
> I tried the semi-manually reinstall of SGE on the described in my last
> Email (below) but ran into a problem with SGE trying to work across the
> external interface (mseas.mit.edu).  I then tried
> 
> * following the suggestion in  and replacing "-name" with "-aname" in
> the scripts the scripts referenced in that post
> * recreated the rocks distribution
> * deleting /opt/gridengine/default and /etc/init.d/sgemaster.mseas
> * checking out post-01-seg-qmaster from /etc/rc.d/rocksconfig.d/RCS
> and running that
> * edit /opt/gridengine/default/common/act_qmaster to replace the
> external name (mseas.mit.edu) with the internal name (mseas.local)
> * in /opt/gridengine/default/common/local_conf/ replaced mseas.mit.edu
> with mseas.local
> 
> After that, SGE seemed to be using the internal network, but I was
> getting the following error on submitting a job
> 
> Unable to run job: rule "default rule (spool dir)" in spooling context
> "flatfile spooling" failed writing an object
> job 330 was rejected cause it can't be written: No such file or directory.
> Exiting.
> 
> I've check the permissions in /opt/gridengine/default/spool & its
> subdirectories (also /opt/gridengine/default/common) and they seem
> fine.  There is 7 Gb of free space so that isn't the problem.
> 
> Any suggestions on how to debug this error will be helpful.
> 
> Thanks
> 
> Pat
> 
> 
> On 06/05/2016 03:05 PM, nadya williams wrote:
> > Hi Pat,
> > 
> > > On Jun 3, 2016, at 9:58 AM, Pat Haley <phaley@mit.edu> wrote:
> > > 
> > > 
> > > Hi,
> > > 
> > > I've tried using insert-ethers to delete and install a compute node.
> > > "all.q" and "@allhosts" are still undefined.  At this stage I'm thinking
> > > that I need to try one of the following
> > > 
> > > * Manually creating the queue on the fronted
> > > * Trying to semi-manually reinstall SGE on the frontend by
> > > o deleting /opt/gridengine/default
> > > o checking out a copy of post-01-sge-qmaster from
> > > /etc/rc.d/rocksconfig.d/RCS and running that
> > > * Trying to manually reinstall SGE on the frontend by running
> > > /opt/gridengine/install_qmaster
> > > 
> > > Any thoughts on which seems safest or most likely to define all.q?
> > > Better ideas would also be appreciated.
> > Option 1 and 3 ar not sufficient as you do't know what else is amiss.
> > i would go with option 2.   Before executing post-01 script make sure
> > you wipe out the previous SGE configuration. I would examine sge-server.xml \
> > script in /state/partition1/rocks/install/rocks-dist/x86_64/build/nodes/ for a \
> > reference. The script  was executed at the FE install and has all the logic and \
> > low of the commands. Likely you don't need to repeat them all but can verify what \
> > was or was not done and also see where post-01 script was executed.
> > 
> > nadya
> > > Thanks
> > > 
> > > 
> > > On 06/01/2016 06:51 PM, Pat Haley wrote:
> > > > I just went back to the clean-install node and tried some the checks I
> > > > originally tried on my upgrade/restore frontend, and I'm seeing the same
> > > > things
> > > > 
> > > > ---------------------------------
> > > > # qconf -sql
> > > > no cqueue list defined
> > > > ---------------------------------
> > > > # qstat -j/
> > > > /scheduling info: All queues dropped because of overload or full
> > > > ---------------------------------
> > > > 
> > > > My questions now are
> > > > 
> > > > * At what point are "all.q" and "@allhosts" supposed to be defined?
> > > > When the frontend is installed or when the compute nodes are installed?
> > > > * Is doing a /boot/kickstart/cluster-kickstart-pxe enough to get
> > > > "all.q" and "@allhosts" defined or do I have to do an insert-ethers?
> > > > 
> > > > Thanks
> > > > 
> > > > Pat
> > > > 
> > > > On 06/01/2016 05:59 PM, Pat Haley wrote:
> > > > > I copied the /opt/gridengine area from the clean install  on my desktop
> > > > > under OptClean/gridengine and the /opt/gridengine area from the upgrade
> > > > > with the restore roll under OptRestore/gridengine .  The results of
> > > > > doing a diff -r of the two areas are in the attached file
> > > > > optgridengine_diffs.txt .  From what I can see, the differences are
> > > > > 
> > > > > * symbolic links were not copied from the clean install
> > > > > * the cluster names are different
> > > > > * the clean install has no compute nodes while the upgrade/restore has
> > > > > all the compute nodes in
> > > > > gridengine/default/spool/qmaster/admin_hosts and
> > > > > gridengine/default/spool/qmaster/exec_hosts
> > > > > o Note that gridengine/default/common/local_conf of the
> > > > > upgrade/restore only lists compute nodes which, for different
> > > > > tests, were re-reinstalled
> > > > > * gridengine/default/spool/qmaster/messages of the upgrade/restore
> > > > > reports on some jobs that were hung (and lost) during the upgrade
> > > > > 
> > > > > I can't see anything to suggest why I don't have "all.q" and "@allhosts"
> > > > > defined on my upgrade/restore frontend.  Any suggestions on where I
> > > > > should look next?
> > > > > 
> > > > > Thanks
> > > > > 
> > > > > Pat
> > > > > 
> > > > > 
> > > > > On 06/01/2016 03:44 PM, Pat Haley wrote:
> > > > > > Hi again,
> > > > > > 
> > > > > > Trying a slightly different tactic, we had as a test did a clean
> > > > > > install of Rocks 6.2 on one blade (as a dummy frontend, no restore
> > > > > > roll).  Comparing the
> > > > > > /opt/gridengine/util/install_modules/sge_configuration.conf between
> > > > > > both the restore install and the clean install was the name of the
> > > > > > cluster:
> > > > > > ------------------------------------------------
> > > > > > 166c166
> > > > > > < SGE_CLUSTER_NAME="mseas"
> > > > > > ---
> > > > > > > SGE_CLUSTER_NAME="cluster"
> > > > > > ------------------------------------------------
> > > > > > I'm going to look at more files, any suggestions of which I should
> > > > > > look at sooner rather than later?
> > > > > > 
> > > > > > Thanks
> > > > > > 
> > > > > > Pat
> > > > > > 
> > > > > > 
> > > > > > On 05/31/2016 07:04 PM, Pat Haley wrote:
> > > > > > > Hi Philip,
> > > > > > > 
> > > > > > > I tried option (2), hoping for extra debugging.  I've attached the new
> > > > > > > output (new.post-01-sge-qmaster.debug) and the output from the original
> > > > > > > installation (post-01-sge-qmaster.debug). The main differences I see in
> > > > > > > the new are
> > > > > > > 
> > > > > > > -------------------------------------------------------------------------------------------------------
> > > > > > >  
> > > > > > > Your >CELL_NAME< directory /opt/gridengine/default already exist!
> > > > > > > The automatic installation stops, if the >SGE_CELL< directory already
> > > > > > > exists
> > > > > > > to ensure, that existing installations are not overwritten!
> > > > > > > -------------------------------------------------------------------------------------------------------
> > > > > > >  
> > > > > > > An invalid entry was found in your autoinstall configuration file.
> > > > > > > Please check your autoinstall configuration file!
> > > > > > > > ./util/install_modules/sge_configuration.conf<
> > > > > > > -------------------------------------------------------------------------------------------------------
> > > > > > >  
> > > > > > > + /opt/gridengine/bin/linux-x64/qconf -rattr queue pe_list 'make mpich
> > > > > > > mpi orte' all.q
> > > > > > > denied: cluster queue "all.q" does not exist
> > > > > > > -------------------------------------------------------------------------------------------------------
> > > > > > >  
> > > > > > > 
> > > > > > > I suspect the first would go away if I deleted /opt/gridengine/default
> > > > > > > .  The second may be more interesting.  I've included a copy of
> > > > > > > ./util/install_modules/sge_configuration.conf but nothing jumps out
> > > > > > > at me.
> > > > > > > 
> > > > > > > Would it be worthwhile to repeat this after deleting
> > > > > > > /opt/gridengine/default ?  What dangers would that entail?
> > > > > > > 
> > > > > > > Thanks
> > > > > > > 
> > > > > > > Pat
> > > > > > > 
> > > > > > > 
> > > > > > > On 05/31/2016 05:55 PM, Philip Papadopoulos wrote:
> > > > > > > > I think that would be helpful.
> > > > > > > > 
> > > > > > > > -P
> > > > > > > > 
> > > > > > > > 
> > > > > > > > On Tue, May 31, 2016 at 2:39 PM, Pat Haley <phaley@mit.edu> wrote:
> > > > > > > > 
> > > > > > > > > Hi Philip,
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > Would either of the following be useful:
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > (1) checking out post-01-sge-qmaster from
> > > > > > > > > /etc/rc.d/rocksconfig.d/RCS
> > > > > > > > > on the
> > > > > > > > > front end  and  just trying to run it to see if it would
> > > > > > > > > define
> > > > > > > > > all.q and @allhosts
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > (2) checking out post-01-sge-qmaster from
> > > > > > > > > /etc/rc.d/rocksconfig.d/RCS
> > > > > > > > > on the
> > > > > > > > > front end, removing all ">> /dev/null 2>&1" from int and
> > > > > > > > > then
> > > > > > > > > trying to run
> > > > > > > > > it to see more error messages
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > On 05/27/2016 03:28 PM, Pat Haley wrote:
> > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Hi Philip,
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Called away for a while.  Now, after deleting
> > > > > > > > > > /etc/init.d/sgeexecd.mseas
> > > > > > > > > > and trying again, I see that it's complaining about the lack of
> > > > > > > > > > "all.q" and
> > > > > > > > > > "@allhosts" (see below).  What's the preferred way of getting \
> > > > > > > > > > them defined
> > > > > > > > > > on the front-end?
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Thanks
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > ------------------------------------------------------
> > > > > > > > > > Your $SGE_ROOT directory: /opt/gridengine
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Using cell: >default<
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Using local execd spool directory [/opt/gridengine/default/spool]
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Creating local configuration for host >compute-0-2.local<
> > > > > > > > > > sge@compute-0-2.local modified "compute-0-2.local" in
> > > > > > > > > > configuration list
> > > > > > > > > > Local configuration for host >compute-0-2.local< created.
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > cp /opt/gridengine/default/common/sgeexecd \
> > > > > > > > > >                 /etc/init.d/sgeexecd.mseas
> > > > > > > > > > /usr/lib/lsb/install_initd /etc/init.d/sgeexecd.mseas
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > starting sge_execd
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > denied: host group "@allhosts" does not exist
> > > > > > > > > > denied: cluster queue "all.q" does not exist
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > Execd on host compute-0-2.local is running!
> > > > > > > > > > ------------------------------------------------------
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > On 05/27/2016 01:48 PM, Philip Papadopoulos wrote:
> > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > I'd try that...
> > > > > > > > > > > -P
> > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > On Fri, May 27, 2016 at 9:59 AM, Pat Haley <phaley@mit.edu> \
> > > > > > > > > > > wrote: 
> > > > > > > > > > > Actually, I'm now wondering if that error message is a red
> > > > > > > > > > > herring. If
> > > > > > > > > > > > this script is only run on install, then that file may be the
> > > > > > > > > > > > one it
> > > > > > > > > > > > created on install.  If so, then should I delete that file \
> > > > > > > > > > > > and try the
> > > > > > > > > > > > same
> > > > > > > > > > > > procedure again (to see a relevant error message)?
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > Pat
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > On 05/27/2016 12:48 PM, Pat Haley wrote:
> > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > The output on the screen was limited to:
> > > > > > > > > > > > > --------------------------------------------------
> > > > > > > > > > > > > [root@compute-0-2 rocksconfig.d]# ./post-91-sge
> > > > > > > > > > > > > Reading configuration from file
> > > > > > > > > > > > > ./util/install_modules/sge_host_config.conf
> > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > Install log can be found in:
> > > > > > > > > > > > > \
> > > > > > > > > > > > > \
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> > > > > > > > > > > > > was more interesting:
> > > > > > > > > > > > > 
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> > > > > > > > > > > > > Your $SGE_ROOT directory: /opt/gridengine
> > > > > > > > > > > > > 
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> > > > > > > > > > > > > Using cell: >default<
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> > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > Specified cluster name >$SGE_CLUSTER_NAME=mseas< resulted \
> > > > > > > > > > > > > in the following conflict!
> > > > > > > > > > > > > Detected a presence of old RC scripts.
> > > > > > > > > > > > > /etc/init.d/sgeexecd.mseas
> > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > Remove existing component(s) of cluster > mseas < first!
> > > > > > > > > > > > > --------------------------------------------------
> > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > On 05/27/2016 12:41 PM, Philip Papadopoulos wrote:
> > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > That's what I would try. There could be issues that aren't
> > > > > > > > > > > > > showing up
> > > > > > > > > > > > > > in
> > > > > > > > > > > > > > the debug file.
> > > > > > > > > > > > > > -P
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > On Fri, May 27, 2016 at 9:33 AM, Pat Haley \
> > > > > > > > > > > > > > <phaley@mit.edu> wrote:
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > It looks like version 1.2,  should I try the \
> > > > > > > > > > > > > > checkout/edit/run procedure
> > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > of your earlier Email?
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > head    1.2;
> > > > > > > > > > > > > > > access;
> > > > > > > > > > > > > > > symbols;
> > > > > > > > > > > > > > > locks
> > > > > > > > > > > > > > > root:1.2; strict;
> > > > > > > > > > > > > > > comment    @# @;
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 1.2
> > > > > > > > > > > > > > > date    2016.05.25.21.35.11;    author root; state Exp;
> > > > > > > > > > > > > > > branches;
> > > > > > > > > > > > > > > next    1.1;
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 1.1
> > > > > > > > > > > > > > > date    2016.05.25.21.32.08;    author root; state Exp;
> > > > > > > > > > > > > > > branches;
> > > > > > > > > > > > > > > next    ;
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > On 05/27/2016 12:24 PM, Philip Papadopoulos wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > Yes.
> > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > You can look /etc/rc.d/rocksconfig.d/RCS to see the \
> > > > > > > > > > > > > > > > RCS version of
> > > > > > > > > > > > > > > > post-91-sge.
> > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > -P
> > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > On Fri, May 27, 2016 at 9:12 AM, Pat Haley \
> > > > > > > > > > > > > > > > <phaley@mit.edu> wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > Hi Phil,
> > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > I looked in my /tmp areas on various compute nodes.  \
> > > > > > > > > > > > > > > > They do have
> > > > > > > > > > > > > > > > > empty
> > > > > > > > > > > > > > > > > post-91-sge.debug files. Does this suggest that \
> > > > > > > > > > > > > > > > > post-91-sge is being
> > > > > > > > > > > > > > > > > run
> > > > > > > > > > > > > > > > > on
> > > > > > > > > > > > > > > > > the compute nodes?
> > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks
> > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > Pat
> > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > On 05/26/2016 05:51 PM, Philip Papadopoulos wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > Sorry, I got lost for a minute.
> > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > post-01-sge-qmaster runs only on the SGE scheduler \
> > > > > > > > > > > > > > > > > node (your
> > > > > > > > > > > > > > > > > > frontend).
> > > > > > > > > > > > > > > > > > The
> > > > > > > > > > > > > > > > > > post-91-sge runs on all the "compute" nodes.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > what does "qstat -f" give you.   The "overloaded" \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > message from SGE
> > > > > > > > > > > > > > > > > > seems
> > > > > > > > > > > > > > > > > > to
> > > > > > > > > > > > > > > > > > indicate that SGE has no enrolled compute nodes.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > They run post-91 on first boot.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > -P
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > On Thu, May 26, 2016 at 2:22 PM, Pat Haley \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > <phaley@mit.edu> wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Philip,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Unfortunately, the checkout failed
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > [root@mseas rocksconfig.d]# co post-91-sge
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > co: RCS/post-91-sge,v: No such file or \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > directory 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > and double checking, the only *sge* in
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > /etc/rc.d/rocksconfig.d/RCS
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > is
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > post-01-sge-qmaster,v
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Should I checkout and run that file?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Pat
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 05/26/2016 05:16 PM, Philip Papadopoulos \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Pat,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > The sge post config is done on first boot,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > # cd /etc/rc.d/rocksconfig.d
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > # co post-91-sge
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > edit the file and remove the redirects  to \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > /dev/null, then run
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > file
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > see what SGE is complaining about. It can be \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > temperamental P
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Thu, May 26, 2016 at 9:00 AM, Pat Haley \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > <phaley@mit.edu> wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I have been poking around and discussing with
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > colleagues, one
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > of my
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > biggest problems seems to be that neither \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > "all.q" nor "@allhosts"
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > is
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > defined on the front-end. Re-re-intalling a \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > compute node does
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > not
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cause
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > either to be defined.  It has been \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > suggested that I try manually
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > re-installing SGE via
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > /opt/gridengine/install_qmaster
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Would this be likely to force a creation of \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > all.q or @allhosts?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Is
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > there
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > something I can/need to reset in the Rocks \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > database? 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 05/25/2016 05:18 PM, Pat Haley wrote:
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > another possible issue, I was looking at \
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 05/25/2016 02:01 PM, Ian Kaufman \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > How did you perform the upgrade from 6.0 \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to 6.2? Was it a wipe
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > and
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > reinstall, using the ROCKS backup tools \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > to preserve any 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > configuration?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Ian
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On Wed, May 25, 2016 at 10:02 AM, Pat \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Haley <phaley@mit.edu>
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I have also been trying to follow this \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > thread 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ///etc/init.d/sgeexecd.hostnam/e/ \
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > exist
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > on my
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > front-end.  Is this expected?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I'm also not sure if this thread is \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > entirely applicable.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > "qconf
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > -sh"
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > lists all my nodes but "qconf -sql" \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > shows no queues. 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On 05/24/2016 08:56 PM, Pat Haley \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > wrote: 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi All,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > We've just upgraded our cluster from \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Rocks 6.0 to Rocks 6.2.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > One
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > issue that has come up is that SGE is \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > not scheduling any
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > jobs,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > they
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sit in the queue in a wait state. \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Checking with "qstat -j"
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > gives
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > following
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > scheduling info: All queues dropped \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > because of overload
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > or
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > full
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > I've also used:    rocks run host \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > "ps -ef | grep sge" That produces \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the following for each compute node \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >  root     22725 22721  1 20:37 ? \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > >                 00:00:00 bash -c ps
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > -ef |
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > grep
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > sge
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > root     22835 22725  0 20:37 ? \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 00:00:00 grep sge 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Is it a matter of some demon that \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > has failed to start on
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > the
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > compute
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > nodes?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > 
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Pat Haley Email: phaley@mit.edu
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Center for Ocean Engineering Phone: \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > (617) 253-6824 Dept. of Mechanical \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Engineering Fax: (617) 253-8125 MIT, \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Room 5-213 \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > http://web.mit.edu/phaley/www/ 77 \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Massachusetts Avenue Cambridge, MA  \
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> > > > > > > > > > > > > > > > > Phone: (617) 253-6824 Dept. of Mechanical \
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