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List: r-sig-mac
Subject: Re: [R-SIG-Mac] Which gfortran for Leopard?
From: cstrato <cstrato () aon ! at>
Date: 2010-01-29 19:25:42
Message-ID: 4B633636.3060400 () aon ! at
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Dear Simon,
Thank you for your answer which is really helpful for me.
Best regards
Christian
Simon Urbanek wrote:
>
> On Jan 29, 2010, at 13:49 , cstrato wrote:
>
> > Dear Simon,
> >
> > As a subscriber to RootTalk I have just received the following mail:
> > http://root.cern.ch/root/roottalk/roottalk10/0122.html
> >
> > As you see there are other Mac users of ROOT who do not want to use
> > fink but another gfortran compiler.
> > I seems that besides gfortran from your website, the following
> > gfortran can also be used:
> > http://www.macresearch.org/gfortran-leopard
> >
> > My question now is:
> > Can gfortran from macresearch also be used to compile R 32 bit and 64
> > bit?
> >
>
> Pretty much any compiler including fink can be used to compile R so
> the answer specifically to your question is yes. However it will be
> incompatible with any binaries we provide.
>
> The compilers from macresearch.org seem to be the same that used to be
> on the HPC site and are still incomplete and incompatible with Xcode
> and the usual Mac configuration so they cannot be used to replace our
> compilers. AFAIK ours are the only complete gfortran compilers for the
> Mac with Apple driver (unfortunately - I'd love to give that
> responsibility to someone else :)).
>
> Cheers,
> Simon
>
>
> > cstrato wrote:
> > > Dear Kasper, dear Simon,
> > >
> > > Thank you both for your help, this was easier than I thought.
> > >
> > > Since I had already installed "R-2.10.1.pkg" all I needed to do was:
> > > $ R --arch=x86_64 --no-multiarch CMD INSTALL -l
> > > ~/Library/R/2.10/library xps_1.7.4.tar.gz
> > > * installing *source* package 'xps' ...
> > > checking for gcc... gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99
> > > checking for C compiler default output file name... a.out
> > > checking whether the C compiler works... yes
> > > checking whether we are cross compiling... no
> > > checking for suffix of executables...
> > > checking for suffix of object files... o
> > > checking whether we are using the GNU C compiler... yes
> > > checking whether gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 accepts -g... yes
> > > checking for gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 option to accept ANSI
> > > C... none needed
> > > checking how to run the C preprocessor... gcc-4.2 -arch x86_64
> > > -std=gnu99 -E
> > > checking for gcc... (cached) gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99
> > > checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
> > > checking whether gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 accepts -g...
> > > (cached) yes
> > > checking for gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 option to accept ANSI
> > > C... (cached) none needed
> > > found ROOT version 5.24/00 in directory /Users/rabbitus/ROOT/root
> > > ** libs
> > > ** arch - x86_64
> > >
> > > Now xps compiles for 64 bit and starting R with:
> > > $ R --arch=x86_64
> > > I am able to load my package:
> > > > library(xps)
> > >
> > > Welcome to xps version 1.7.4
> > > an R wrapper for XPS - eXpression Profiling System
> > > (c) Copyright 2001-2009 by Christian Stratowa
> > >
> > >
> > > Now one final question remains, which is a question of a user of xps
> > > who has started the whole discussion since he has compiled ROOT as
> > > 64 bit and wanted to install xps using:
> > > > biocLite("xps", type = "source")
> > > I assume that when I start R using "R --arch=x86_64" then every
> > > package is compiled as 64 bit automatically.
> > >
> > > Best regards
> > > Christian
> > >
> > >
> > >
> > > Simon Urbanek wrote:
> > > >
> > > > On Jan 26, 2010, at 15:24 , cstrato wrote:
> > > >
> > > > > Dear Simon,
> > > > >
> > > > > Meanwhile I have tried to install xps:
> > > > > $ R CMD INSTALL -l ~/Library/R/2.10/library xps_1.7.4.tar.gz
> > > > > * installing *source* package 'xps' ...
> > > > > checking for gcc... gcc-4.2 -arch i386 -std=gnu99
> > > > > checking for C compiler default output file name... a.out
> > > > > checking whether the C compiler works... yes
> > > > > checking whether we are cross compiling... no
> > > > > checking for suffix of executables...
> > > > > checking for suffix of object files... o
> > > > > checking whether we are using the GNU C compiler... yes
> > > > > checking whether gcc-4.2 -arch i386 -std=gnu99 accepts -g... yes
> > > > > checking for gcc-4.2 -arch i386 -std=gnu99 option to accept ANSI
> > > > > C... none needed
> > > > > checking how to run the C preprocessor... gcc-4.2 -arch i386
> > > > > -std=gnu99 -E
> > > > > checking for gcc... (cached) gcc-4.2 -arch i386 -std=gnu99
> > > > > checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
> > > > > checking whether gcc-4.2 -arch i386 -std=gnu99 accepts -g...
> > > > > (cached) yes
> > > > > checking for gcc-4.2 -arch i386 -std=gnu99 option to accept ANSI
> > > > > C... (cached) none needed
> > > > > found ROOT version 5.24/00 in directory /Users/rabbitus/ROOT/root
> > > > > ** libs
> > > > > ** arch - i386
> > > > >
> > > > > As you can see it compiles using the wrong architecture:
> > > >
> > > > Well, you're running the wrong architecture ... As I said when you
> > > > want to link, you have to use 64-bit.
> > > >
> > > >
> > > > > > library(xps)
> > > > > Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) :
> > > > > unable to load shared library
> > > > > '/Users/rabbitus/Library/R/2.10/library/xps/libs/i386/xps.so':
> > > > > dlopen(/Users/rabbitus/Library/R/2.10/library/xps/libs/i386/xps.so,
> > > > > 6): no suitable image found. Did find:
> > > > > /Users/rabbitus/Library/R/2.10/library/xps/libs/i386/xps.so:
> > > > > mach-o, but wrong architecture
> > > > > Error: package/namespace load failed for 'xps'
> > > > > >
> > > > >
> > > > > In my file "config.in" I have the following lines:
> > > > > # See "Writing R Extensions"
> > > > > > ${R_HOME=`R RHOME`}
> > > > > if test -z "${R_HOME}"; then
> > > > > echo "could not determine R_HOME"
> > > > > exit 1
> > > > > fi
> > > > > CC=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config CC`
> > > > > CFLAGS=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config CFLAGS`
> > > > > AC_PROG_CPP
> > > > > AC_PROG_CC
> > > > >
> > > > > Thus I assume that I need to use 64 bit R so that the flags are
> > > > > set correctly. Is this correct?
> > > > >
> > > >
> > > > You have to use 64-bit R if you want to link to a 64-bit program -
> > > > as I said.
> > > >
> > > >
> > > > > If yes, can I use:
> > > > > http://r.research.att.com/R-GUI-5548-2.10-leopard-Leopard64.dmg
> > > > > or do I need to build 64 bit R from source?
> > > > >
> > > >
> > > > Neither - just pick it from CRAN - it's the first download in the
> > > > list. Note that you still have to run 64-bit R -- e.g. R --arch=x86_64
> > > >
> > > > Cheers,
> > > > Simon
> > > >
> > > >
> > > >
> > > > >
> > > > >
> > > > > Simon Urbanek wrote:
> > > > > > On Jan 25, 2010, at 5:34 PM, cstrato wrote:
> > > > > >
> > > > > >
> > > > > > > Dear Simon,
> > > > > > >
> > > > > > > Thank you, with this version I could finally compile ROOT as 64
> > > > > > > bit.
> > > > > > >
> > > > > > > Now I have one more question:
> > > > > > > When I do "R CMD Install xps.tar.gz" which now depends on 64 bit
> > > > > > > ROOT, do I need to install the 64 bit version of R or can I use
> > > > > > > the current R version?
> > > > > > >
> > > > > > >
> > > > > >
> > > > > > I have no idea since I don't know your package. If you *link* to
> > > > > > ROOT then yes, you have to use 64-bit R to load 64-bit code.
> > > > > > (Linking in itself can be quite interesting given the flags ROOT
> > > > > > uses, so your journey may not end there ;)).
> > > > > >
> > > > > > Cheers,
> > > > > > Simon
> > > > > >
> > > > > >
> > > > > >
> > > > > >
> > > > > > > Best regards
> > > > > > > Christian
> > > > > > >
> > > > > > >
> > > > > > > Simon Urbanek wrote:
> > > > > > >
> > > > > > > > On Jan 25, 2010, at 15:03 , cstrato wrote:
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > > Dear Simon,
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > Thank you for your suggestions, which I have just tried. Sadly
> > > > > > > > > the error remains the same.
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > The problem seems to be that for some reason
> > > > > > > > > "gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz" does not have a
> > > > > > > > > "/usr/lib/gcc/i686-apple-darwin9/4.2.1/x86_64" directory
> > > > > > > > > containing libgfortranbegin.a. For this reason the 64 bit
> > > > > > > > > version of libgfortranbegin.a is not installed in the
> > > > > > > > > corresponding directory x86_64 which contains only libgcc.a etc.
> > > > > > > > >
> > > > > > > > >
> > > > > > > > Oh ... that's a surprise - it should be there, sorry. Ok, so
> > > > > > > > please use the more recent 5566 build:
> > > > > > > > http://r.research.att.com/tools/gfortran-4.2-5566-darwin9.tar.gz
> > > > > > > >
> > > > > > > > that one has the x86_64 files - I checked:
> > > > > > > > ginaz:~$ curl -s -S
> > > > > > > > http://r.research.att.com/tools/gfortran-4.2-5566-darwin9.tar.gz |
> > > > > > > > tar fvtz - | grep gfortran.a
> > > > > > > > -rw-r--r-- root/wheel 3592608 2008-12-24 14:51:33
> > > > > > > > usr/lib/gcc/i686-apple-darwin9/4.2.1/libgfortran.a
> > > > > > > > -rw-r--r-- root/wheel 3870032 2008-12-24 14:51:33
> > > > > > > > usr/lib/gcc/powerpc-apple-darwin9/4.2.1/libgfortran.a
> > > > > > > > -rw-r--r-- root/wheel 5002152 2008-12-24 14:51:33
> > > > > > > > usr/lib/gcc/i686-apple-darwin9/4.2.1/x86_64/libgfortran.a
> > > > > > > >
> > > > > > > > (Ideally you should install Xcode 3.1.2 for this since that is
> > > > > > > > where the 5566 build comes from, but it will probably work even
> > > > > > > > if the builds don't match perfectly).
> > > > > > > >
> > > > > > > > Cheers,
> > > > > > > > Simon
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > >
> > > > > > > > > You can see this by double-clicking on
> > > > > > > > > "gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz" when located in some
> > > > > > > > > directory.
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > In contrast, "gfortran-4.2.3.dmg" did install
> > > > > > > > > libgfortranbegin.a in the
> > > > > > > > > "/usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin9/4.2.1/x86_64" directory.
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > Could you please check or tell me what the reason might be?
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > I have installed it using:
> > > > > > > > > $ gunzip gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz
> > > > > > > > > $ sudo tar -xvf gfortran-4.2-5564-darwin9.tar -C /
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > Best regards
> > > > > > > > > Christian
> > > > > > > > >
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > Simon Urbanek wrote:
> > > > > > > > >
> > > > > > > > > > On Jan 24, 2010, at 3:28 PM, cstrato wrote:
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Dear Kasper,
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > You are right. Since ROOT supports the CC, CXX, F77 and LD
> > > > > > > > > > > flags I did:
> > > > > > > > > > > ./configure macosx64 --with-cxx="/usr/bin/g++-4.2 -arch
> > > > > > > > > > > x86_64" --with-f77="/usr/bin/gfortran-4.2 -arch x86_64"
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > You don't really need the override - it works without and
> > > > > > > > > > they add -m64 anyway so the -arch gets essentially ignored.
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > The error was still the same:
> > > > > > > > > > > i686-apple-darwin9-g++-4.2.1: libgfortran.dylib: No such
> > > > > > > > > > > file or directory
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > However, when I replaced in the Makefile.macosx64:
> > > > > > > > > > > F77LIBS := $(shell $(F77) -m64
> > > > > > > > > > > -print-file-name=libgfortran.dylib)
> > > > > > > > > > > F77LIBS += $(shell $(F77) -m64
> > > > > > > > > > > -print-file-name=libgfortranbegin.a)
> > > > > > > > > > > with:
> > > > > > > > > > > F77LIBS := $(shell $(F77) -m64
> > > > > > > > > > > -print-file-name=libgfortranbegin.a)
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > You found the right spot but your fix is wrong - just remove
> > > > > > > > > > the two lines, they are superfluous and only cause trouble.
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > the error disappeared, and I could finish the compilation.
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > However, now I got a link-error:
> > > > > > > > > > > ld warning: in
> > > > > > > > > > > /usr/lib/gcc/i686-apple-darwin9/4.2.1/libgfortranbegin.a,
> > > > > > > > > > > file is not of required architecture
> > > > > > > > > > > Undefined symbols:
> > > > > > > > > > > "_main", referenced from:
> > > > > > > > > > > start in crt1.10.5.o
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Your'e getting the 32-bit version (of the wrong file - see
> > > > > > > > > > above). It should really be ../4.2.1/x86_64/lib...
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > I am not sure what this error means since Makefile.macosx64
> > > > > > > > > > > contains:
> > > > > > > > > > > F77FLAGS = -m64 -std=legacy
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Could it be that libgfortranbegin.a can only be used for
> > > > > > > > > > > 32bit compilation?
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > No, you're picking the wrong one - there is one for each
> > > > > > > > > > architecture.
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Furthermore, I still have the question (and hopefully Simon
> > > > > > > > > > > will answer it):
> > > > > > > > > > > Why does gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz not contain any
> > > > > > > > > > > libgfortran.dylib files?
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Because it's using a static library.
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Interestingly, when googling "/usr/lib/libgfortran.dylib" I
> > > > > > > > > > > get the answer that NO results were found, while googling
> > > > > > > > > > > "/usr/local/lib/libgfortran.dylib" gives many results. Thus
> > > > > > > > > > > it seems that there will never be any libgfortran.dylib in
> > > > > > > > > > > "/usr/lib/"!?
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Nope - OS X has no Fortran by default.
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > Cheers,
> > > > > > > > > > Simon
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > I must admit that I do not understand this issue.
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Best regards
> > > > > > > > > > > Christian
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > Kasper Daniel Hansen wrote:
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > On Jan 23, 2010, at 8:37 AM, cstrato wrote:
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > Dear Kasper,
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > Thank you for your suggestion, I did indeed use gcc 4.0.
> > > > > > > > > > > > > Since gcc_select does no longer exist on Leopard I had to \
> > > > > > > > > > > > > do: cd /usr/bin
> > > > > > > > > > > > > sudo ln -s gcc-4.2 gcc
> > > > > > > > > > > > > sudo ln -s g++-4.2 g++
> > > > > > > > > > > > > sudo ln -s gcov-4.2 gcov
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > I am not sure this is advisable in general. When I compile
> > > > > > > > > > > > stuff with gcc-4.2 I usually explicitly set
> > > > > > > > > > > > CC=/usr/bin/gcc-4.2
> > > > > > > > > > > > when I run configure. For example, my entire configure
> > > > > > > > > > > > line for R on my macbook is
> > > > > > > > > > > > ../${SRCDIR}/configure SHELL='/bin/bash' \
> > > > > > > > > > > > CC="/usr/bin/gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99" \
> > > > > > > > > > > > CFLAGS="-g -O2 -std=gnu99 -march=nocona" \
> > > > > > > > > > > > CXX="/usr/bin/g++-4.2 -arch x86_64" \
> > > > > > > > > > > > CXXFLAGS="-g -O2 -march=nocona" \
> > > > > > > > > > > > OBJC="/usr/bin/gcc-4.2 -arch x86_64" \
> > > > > > > > > > > > F77="/usr/bin/gfortran-4.2 -arch x86_64" \
> > > > > > > > > > > > FFLAGS="-g -O2 -march=nocona" \
> > > > > > > > > > > > FC="/usr/bin/gfortran-4.2 -arch x86_64" \
> > > > > > > > > > > > FCFLAGS="-g -O2 -march=nocona" \
> > > > > > > > > > > > --x-includes=/usr/X11/include
> > > > > > > > > > > > --x-libraries=/usr/X11/lib \
> > > > > > > > > > > > --with-system-zlib \
> > > > > > > > > > > > --with-blas='-framework vecLib' --with-lapack
> > > > > > > > > > > > Of course this requires that ROOT uses the CC/CFLAGS
> > > > > > > > > > > > macros, but that should be pretty standard if it uses
> > > > > > > > > > > > autoconf.
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > Sadly, compiling ROOT resulted still in the same error:
> > > > > > > > > > > > > i686-apple-darwin9-g++-4.2.1: libgfortran.dylib: No such
> > > > > > > > > > > > > file or directory
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > When I check the location for gfortran-4.2.3.dmg I get:
> > > > > > > > > > > > > $ cd
> > > > > > > > > > > > > /usr/local/lib/gcc/i686-apple-darwin8/4.2.3/../../../x86_64
> > > > > > > > > > > > > $ ls -al
> > > > > > > > > > > > > total 32
> > > > > > > > > > > > > drwxrwxr-x 6 root wheel 204 Jan 21 20:26 .
> > > > > > > > > > > > > drwxr-xr-x 35 root wheel 1190 Jan 21 20:26 ..
> > > > > > > > > > > > > lrwxr-xr-x 1 root wheel 26 Jan 21 20:26
> > > > > > > > > > > > > libgfortran.2.0.0.dylib -> ../libgfortran.2.0.0.dylib
> > > > > > > > > > > > > lrwxr-xr-x 1 root wheel 23 Jan 21 20:26
> > > > > > > > > > > > > libgfortran.2.dylib -> libgfortran.2.0.0.dylib
> > > > > > > > > > > > > lrwxr-xr-x 1 root wheel 16 Jan 21 20:26
> > > > > > > > > > > > > libgfortran.a -> ../libgfortran.a
> > > > > > > > > > > > > lrwxr-xr-x 1 root wheel 23 Jan 21 20:26
> > > > > > > > > > > > > libgfortran.dylib -> libgfortran.2.0.0.dylib
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > This means that /usr/local/bin does contain
> > > > > > > > > > > > > libgfortran.dylib whereas /usr/bin does not contain any of
> > > > > > > > > > > > > these files or links.
> > > > > > > > > > > > > Does this mean that gfortran-4.2.3.dmg does contain these
> > > > > > > > > > > > > file for libgfortran.dylib while
> > > > > > > > > > > > > gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz does not contain these
> > > > > > > > > > > > > files?
> > > > > > > > > > > > > How do I get libgfortran.dylib?
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > Simon might be able to answer this better, but the general
> > > > > > > > > > > > idea is that the
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > installs into /usr/bin
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > gfortran-4.2.3.dmg
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > installs into /usr/local/bin. There is some logic here,
> > > > > > > > > > > > the way I think about it is that the former is a direct
> > > > > > > > > > > > extension of the Apple build.
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > I would start from scratch, which means remove all traces
> > > > > > > > > > > > of both gfortrans, install the 5564-tarball and then set
> > > > > > > > > > > > the various macros as I have set it above for R (your exact
> > > > > > > > > > > > values may of course be different depending on what machine
> > > > > > > > > > > > etc. you are using).
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > Kasper
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > BTW, I must apologize to Simon. On his website he lists
> > > > > > > > > > > > > the commands how to install gfortran.tar.gz, but in the
> > > > > > > > > > > > > Tiger section, so I did miss it. Nevertheless it would
> > > > > > > > > > > > > still be helpful for Mac users to know how to uninstall it:
> > > > > > > > > > > > > $ tar -tf gfortran.tar | sort -r | (cd /; xargs -p -n 1 rm
> > > > > > > > > > > > > -d)
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > Best regards
> > > > > > > > > > > > > Christian
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > Kasper Daniel Hansen wrote:
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > Remember that Apple has two version of GCC on Leopard:
> > > > > > > > > > > > > > 4.0 and 4.2. You are using 4.0, you might want to switch \
> > > > > > > > > > > > > > to 4.2. In Tiger there used to be gcc_select (or
> > > > > > > > > > > > > > select_gcc) that let you choose between 3.x and 4.0, I
> > > > > > > > > > > > > > don't remember if that is still around on Leopard.
> > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > The error seems to indicate that you need 4.2 in order to \
> > > > > > > > > > > > > > use Simon's gfortran.
> > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > Kasper
> > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > On Jan 22, 2010, at 16:04 PM, cstrato wrote:
> > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Dear Simon,
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Thank you for this information.
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Now I have installed gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz \
> > > > > > > > > > > > > > > on Leopard and tried to compile ROOT again, but this \
> > > > > > > > > > > > > > > time I got the following error:
> > > > > > > > > > > > > > > g++ -dynamiclib -single_module -undefined \
> > > > > > > > > > > > > > > dynamic_lookup
> > > > > > > > > > > > > > > -install_name @rpath/libminicern.so -O2 -m64 -o
> > > > > > > > > > > > > > > lib/libminicern.so misc/minicern/src/cernlib.o -ldl
> > > > > > > > > > > > > > > misc/minicern/src/hbook.o misc/minicern/src/kernlib.o
> > > > > > > > > > > > > > > misc/minicern/src/zebra.o libgfortran.dylib
> > > > > > > > > > > > > > > \
> > > > > > > > > > > > > > > \
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> > > > > > > > > > > > > > > \
> > > > > > > > > > > > > > > i686-apple-darwin9-g++-4.0.1: libgfortran.dylib: No \
> > > > > > > > > > > > > > > such file or directory
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > I know that this is not necessarily an R-related
> > > > > > > > > > > > > > > question but I would greatly appreciate your help if
> > > > > > > > > > > > > > > possible (at least it is a Mac- and somehow a
> > > > > > > > > > > > > > > BioC-related question).
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > When I have tried to compile ROOT with
> > > > > > > > > > > > > > > gfortran-4.2.3.dmg I got the following error:
> > > > > > > > > > > > > > > gfortran -O2 -m64 -o bin/g2root main/src/g2root.o -Llib \
> > > > > > > > > > > > > > > lib/libminicern.so
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> > > > > > > > > > > > > > > -lm -Wl,-rpath,@loader_path/../lib -pthread -ldl
> > > > > > > > > > > > > > > ld: -rpath can only be used when targeting Mac OS X \
> > > > > > > > > > > > > > > 10.5 or later
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > As you can see gfortran-4.2.3 could find
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> > > > > > > > > > > > > > > \
> > > > > > > > > > > > > > > \
> > > > > > > > > > > > > > > while gfortran-4.2.4 could not find libgfortran.dylib.
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Thus maybe I did make a mistake when installing
> > > > > > > > > > > > > > > gfortran-4.2.4. Here is what I did:
> > > > > > > > > > > > > > > $ gunzip gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz
> > > > > > > > > > > > > > > $ sudo tar -xvf gfortran-4.2-5564-darwin9.tar -C /
> > > > > > > > > > > > > > > $ sudo ln -s /usr/bin/gfortran-4.2 /usr/bin/gfortran
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Do you know what I need to do so that libgfortran.dylib \
> > > > > > > > > > > > > > > can be found?
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > P.S.:Since many Mac users are no Unix experts please
> > > > > > > > > > > > > > > allow me to suggest to place on your website the
> > > > > > > > > > > > > > > commands to install/uninstall gfortran. I have found \
> > > > > > > > > > > > > > > the following website, which told me how to install \
> > > > > > > > > > > > > > > gfortran and how I could uninstall it:
> > > > > > > > > > > > > > > http://www.webmo.net/support/fortran_osx.html
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Thank you in advance.
> > > > > > > > > > > > > > > Best regards
> > > > > > > > > > > > > > > Christian
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > Simon Urbanek wrote:
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > On Jan 21, 2010, at 15:56 , cstrato wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > Dear Simon,
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > One more question:
> > > > > > > > > > > > > > > > > I have just unzipped \
> > > > > > > > > > > > > > > > > gfortran-4.2-5564-darwin9.tar.gz. The version \
> > > > > > > > > > > > > > > > > gives: Using built-in specs.
> > > > > > > > > > > > > > > > > Target: i686-apple-darwin9
> > > > > > > > > > > > > > > > > Configured with:
> > > > > > > > > > > > > > > > > /Builds/gcc/gcc_42-5564/build/obj/src/configure
> > > > > > > > > > > > > > > > > --disable-checking --enable-werror --prefix=/usr
> > > > > > > > > > > > > > > > > --mandir=/usr/share/man
> > > > > > > > > > > > > > > > > --enable-languages=c,objc,c++,obj-c++,fortran
> > > > > > > > > > > > > > > > > --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/
> > > > > > > > > > > > > > > > > --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.0.0
> > > > > > > > > > > > > > > > > --with-slibdir=/usr/lib --build=i686-apple-darwin9
> > > > > > > > > > > > > > > > > --host=i686-apple-darwin9 \
> > > > > > > > > > > > > > > > > --target=i686-apple-darwin9 Thread model: posix
> > > > > > > > > > > > > > > > > gcc version 4.2.1 (Apple Inc. build 5564)
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > This means that this version seems to be older than \
> > > > > > > > > > > > > > > > > the one I am using now?
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > No, that is GNU Fortran 4.2.4 that I was referring \
> > > > > > > > > > > > > > > > to. The "gcc version 4.2.1" comes from Apple's Xcode \
> > > > > > > > > > > > > > > > 3.1 gcc-4.2 branch since that is what they define - \
> > > > > > > > > > > > > > > > it just adds Fortran support to the existing gcc \
> > > > > > > > > > > > > > > > 4.2.1 branch of Apple that you installed as Xcode. \
> > > > > > > > > > > > > > > > However, the Fortran part is merged from the GNU \
> > > > > > > > > > > > > > > > Fortran 4.2.4 release - hence I refer to it as \
> > > > > > > > > > > > > > > > 4.2.4.
> > > > > > > > > > > > > > > > Cheers,
> > > > > > > > > > > > > > > > Simon
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > Simon Urbanek wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > On Jan 21, 2010, at 14:47 , cstrato wrote:
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Dear all,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > I have the following problem:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > My Bioconductor package xps requires both R and \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > ROOT, whereby I compile ROOT usually from \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > source. Until now this has not been a problem \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > since I do all my development on Tiger. \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > However, now I wanted to compile ROOT on \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Leopard but failed since my gfortran compiler \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > is too old, see: \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > \
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> > > > > > > > > > > > > > > > > > > \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > solve the problem I should upgrade to the \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > latest version coming with gcc-4.4 in Fink.
> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > I would advise against that - using gcc from Fink \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > usually calls for a disaster. The real solution \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > is to fix their flags, but that's another story \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > ...
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thus my question is:
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > Can I also use this version for R or do I need \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > > to use the version downloaded from att?
> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > I would recommend using the Leopard gfortran \
> > > > > > > > > > > > > > > > > > 4.2.4 for Xcode 3.1.x from the Mac devel page
> > > > > > > > > > > > > > > > > > http://r.research.att.com/tools/
> > > > > > > > > > > > > > > > > > which I assume is what you meant by the latter.
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Cheers,
> > > > > > > > > > > > > > > > > > Simon
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > > > >
> > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________
> > > > > > > > > > > > > > > R-SIG-Mac mailing list
> > > > > > > > > > > > > > > R-SIG-Mac@stat.math.ethz.ch
> > > > > > > > > > > > > > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-mac
> > > > > > > > > > > > > > >
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