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List: insight-users
Subject: Re: [Insight-users] Is there an image filter that can compute an
From: Dawood Masslawi <davoud_zzz () yahoo ! com>
Date: 2010-12-21 1:05:39
Message-ID: 551938.10503.qm () web52304 ! mail ! re2 ! yahoo ! com
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Since you want to average over multiple objects it's best to assign a different \
iterator for each object. After that you can define the overlapping region and use a \
"for" or "while" loop for all iterators simultaneously, this way you can get the \
intensity values at the desired indices and compute the mean values. Also, chapter 11 \
of the ITK software guide has considerable amount of useful information regarding the \
ITK iterators. Best regards,
Dawood.
--- On Mon, 12/20/10, Haiyong Xu <haiyeong@gmail.com> wrote:
From: Haiyong Xu <haiyeong@gmail.com>
Subject: Re: Is there an image filter that can compute an mean image (mean pixel \
values) of several images with different sizes?
To: "Dawood Masslawi" <davoud_zzz@yahoo.com>
Cc: insight-users@itk.org
Date: Monday, December 20, 2010, 2:33 PM
Thanks for the answer, Dawood. Would you like to provide more information about how \
to define a neighborhood iterators that can span several itk::Image<> objects?
Regrads,
Haiyong
On Mon, Dec 20, 2010 at 10:51 AM, Dawood Masslawi <davoud_zzz@yahoo.com> wrote:
Dear Haiyong,You can use the neighborhood iterators to define a window and
calculate the mean intensity value in that window by averaging
over the defined neighborhood.
Best regards,
Dawood Masslawi
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Hi insight-users,
I have several subvolume images that were manually cropped from CT
abdominal studies. These images have different sizes. I need calculate
a mean image with the pixel value equals to the mean value of pixels
in the subvolume images. Since the subvolume images have different
sizes, the mean image's size will be set to the overlapped region of
all subvolume images. I wander if there any ITK filter can do the job.
Otherwise, I may implement one by myself. Thanks.
Regards,
Haiyong Xu
[Attachment #5 (text/html)]
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: \
inherit;">Since you want to average over multiple objects it's best to assign a \
different iterator for<div><br></div><div>each object. After that you can define the \
overlapping region and use a "for" or "while" loop</div><div><br></div><div>for all \
iterators simultaneously, this way you can get the intensity values at the \
desired</div><div><br></div><div>indices and compute the mean values. Also, chapter \
11 of the ITK software guide has</div><div><br></div><div>considerable amount of \
useful information regarding the ITK iterators.</div><div><br></div><div>Best \
regards,</div><div><br></div><div>Dawood.</div><div><br>--- On <b>Mon, 12/20/10, \
Haiyong Xu <i><haiyeong@gmail.com></i></b> wrote:<br><blockquote \
style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: \
5px;"><br>From: Haiyong Xu <haiyeong@gmail.com><br>Subject: Re: Is there an \
image filter that can compute an mean image (mean pixel values) of several images \
with different sizes?<br>To: "Dawood Masslawi" <davoud_zzz@yahoo.com><br>Cc: \
insight-users@itk.org<br>Date: Monday, December 20, 2010, 2:33 PM<br><br><div \
id="yiv1913197210">Thanks for the answer, Dawood. Would you like to provide more \
information about how to define a neighborhood iterators that can span several \
itk::Image<> objects? <br><br>Regrads,<br>Haiyong<br><br><br><br><div \
class="yiv1913197210gmail_quote"> On Mon, Dec 20, 2010 at 10:51 AM, Dawood Masslawi \
<span dir="ltr"><<a rel="nofollow" ymailto="mailto:davoud_zzz@yahoo.com" \
target="_blank" href="/mc/compose?to=davoud_zzz@yahoo.com">davoud_zzz@yahoo.com</a>></span> \
wrote:<br><blockquote class="yiv1913197210gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt \
0.8ex;border-left:1px solid rgb(204, 204, 204);padding-left:1ex;"> <table border="0" \
cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font:inherit;" \
valign="top"><span style="font-size:medium;"><pre>Dear Haiyong,</pre><pre>You can use \
the neighborhood iterators to define a window and</pre> <pre><br></pre><pre>calculate \
the mean intensity value in that window by averaging</pre><pre><br></pre><pre>over \
the defined neighborhood.</pre><pre><br></pre><pre>Best \
regards,</pre><pre><br></pre><font color="#888888"><pre>Dawood \
Masslawi</pre></font><div><div></div><div \
class="yiv1913197210h5"><pre><br></pre><pre><br></pre><pre><br></pre><pre>>>> \
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>&g \
t;>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<</pre>
<pre><br></pre><pre><span \
style="white-space:normal;"><pre>>>>>>>>>>>>>>& \
gt;>>>>>>>>>>>>>><<<<<<< \
;<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<</pre>
</span></pre><pre><br></pre><pre>Hi insight-users,
I have several subvolume images that were manually cropped from CT
abdominal studies. These images have different sizes. I need calculate
a mean image with the pixel value equals to the mean value of pixels
in the subvolume images. Since the subvolume images have different
sizes, the mean image's size will be set to the overlapped region of
all subvolume images. I wander if there any ITK filter can do the job.
Otherwise, I may implement one by myself. Thanks.
Regards,
Haiyong Xu</pre></div></div></span></td></tr></tbody></table><br>
</blockquote></div><br>
</div></blockquote></div></td></tr></table><br>
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